A ver, te pongo una comparacion(a mi modo de verlo) de la S2R 800 2006 y mi ex R6 2000.
En cuanto a bajos la S2R va mejor que la R6:
A 3500rpm la S2R da unos 32cv y la R6 unos 18cv
A 6000rpm la S2R da unos 60cv y la R6 unos 35cv
Y con mejor par motor.

En cuanto a suspensiones decir que estamos comparando un supersport con una naked-sport, asi que en este aspecto la R6 sale mejor parada en la comparativa, ya que era totalmente regulable y la S2R no.
Para mi gusto o mi manera de conducir la S2R es un poco blanda, si bien es cierto que a pesar de pesar 90kilazos nunca he hecho tope. Mas adelante le metere unos muelles mas duros y aceite de mas densidad.

Sobre los frenos, pues tambien gana la R6 ya que tenia 4 pistones por los 2 de la S2R, tambien decir que la S2r en el banco de potencia del taller, con escape, filtro y centralita hacia punta en 217Km/h, velocidad que la R6 cojia en 3ª marcha a unas escalofriantes 15.000rpm, asi que si corre mas debe tener mejores frenos.
La R6 tenia mas mordiente que la S2R, de momento no me he llevado ningun susto por falta de frenada, pero si eso ocurre  le metere la serie oro de brembo y listo(ala a gastar mas €).
De todos modos la nueva 696 ya trae unos señores frenos radiales que me tienen loco y la horquilla no se si se puede o no regular.

Te repito lo de antes, que mejor provarla ya que el cambio es muy grande, aunque en mi caso personalmente no me arrepiento para nada del cambio.
Espero haberte ayudado
Vsss

No se como te va a sentar eso en una moto, pero yo te puedo decir que mi anterior coche era un mitshubishi evolution que estaba dando en banco unos 303cv, nacio mi hija y la verdad es que me vi obligado a cambiarlo por algo mas familiar, una Scenic 150cv diesel.  Te puedo asegurar que me costo una depresion y amargamiento que me impio disfrutar de lo que es estrenar un coche. Aun un año y medio despues me acuerdo de mi evo en cada adelantamiento y en cada curva.   Creo que aunque no use toda la potencia, la echaras mucho de menos.   Saludos